Este é o comportamento esperado nas versões modernas do Ubuntu.
De acordo com a documentação on-line , o pequeno ícone 'engrenagem' não será encontrado no lugar esperado na à direita da barra de ferramentas com o Ubuntu atual , usando o shell do GNOME ou o Unity:
A opção Preferências está disponível no qualquer menu de aplicativos do Geary ou o menu de engrenagem no canto superior direito da barra de ferramentas. (A localização depende do shell de instalação da área de trabalho. Para o GNOME Shell e Unity, o o menu do aplicativo está disponível próximo ao canto superior esquerdo da tela.)
Assim, no Unity ou no GNOME, o menu 'Preferences' do Geary pode ser acessado com as teclas Ctrl + E enquanto o menu 'Accounts' pode ser acessado com Ctrl + M . Ambos os menus são acessíveis por mouse no canto superior esquerdo da tela. Mas nenhum ícone de 'engrenagem' ...
A imagem abaixo ilustra o acesso disponível:
Referências: