Para adicioná-los de volta, você tem que editar o arquivo ~/.config/user-dirs.dirs e adicioná-los novamente, este é o arquivo que aparece no meu sistema, como eu mudei todos os nomes para serem diferentes e minúsculas:
# This file is written by xdg-user-dirs-update
# If you want to change or add directories, just edit the line you're
# interested in. All local changes will be retained on the next run
# Format is XDG_xxx_DIR="$HOME/yyy", where yyy is a shell-escaped
# homedir-relative path, or XDG_xxx_DIR="/yyy", where /yyy is an
# absolute path. No other format is supported.
#
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/share"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/doc"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/"
Você pode editar isso com gedit através da GUI ou com o editor de texto preferido no terminal. Se o arquivo continuar mudando de volta, leia apenas para evitar que o sistema o altere.