Eu encontrei este comportamento irritante: no Ubuntu 16.04 mas também no Fedora 25 se eu alterar o aplicativo padrão para, digamos, arquivos .sty (bibliotecas TeX), também o aplicativo padrão para arquivos .tex obtém o mesmo aplicativo padrão. E vice versa. Portanto, não posso ter dois aplicativos diferentes para essas duas extensões. Eu estou supondo que o mesmo acontece com diferentes tipos de arquivos também.