Eu mesmo consegui encontrar uma solução. Estou completamente certo de que esta não é a maneira mais fácil de fazê-lo, mas funcionou. Eu tentei várias soluções com expressões regulares, mas não consegui fazê-las funcionar. Então acabei adicionando --include = '' e --exclude = '' para todas as pastas que estavam presentes no diretório.
rsync -avz --include='Gait1/' --include='Gait2/' --exclude='shot_00*' --exclude='1.*' --exclude='3.*' /Qarc/Svendborg\ \FU1/ /home/steen/recordings/Svendborg\ \FU1/