No Ubuntu Server 16.04, executando sem cabeça, ou seja, sem ambiente de desktop em execução, o Network Manager não estará em execução e, portanto, não será o local das configurações de rede.
Sugiro que você edite o arquivo /etc/network/interfaces
para alterar a senha do WPA2. O arquivo provavelmente lerá algo como:
auto lo
iface lo inet loopback
auto wlan0
iface wlan0 inet static
address 192.168.1.150
netmask 255.255.255.0
gateway 192.168.1.1
wpa-ssid <your_router>
wpa-psk <your_old_wpa_key>
dns-nameservers 8.8.8.8 192.168.1.1
Altere a senha, salve e feche o editor de texto e você deve estar tudo pronto.