Como faço para matar menus de contexto mortos / fantasma / zumbis que não apareceram corretamente?

Question

De vez em quando, noto um problema com o menu do botão direito em diferentes programas. Em vez de fornecer o menu, recebo um quadrado chato que pode ou não ser transparente, e pode ou não reter a imagem do que estava abaixo dele.

Uma vez que eles aparecem, eles flutuam acima de qualquer janela de qualquer programa e apenas ficam no caminho. Normalmente desligar o programa onde eu tentei acessar o menu se livra deles, mas nem sempre.

Às vezes, fechar o aplicativo não é suficiente e sudo killall MyGuessAsToTheApp precisa ser chamado.

Como posso me livrar dessas janelas de diálogo fantasma sem interromper o que estou trabalhando para fechar as coisas?

Melhor ainda, como posso evitar que isso aconteça?