Se você iniciar duas vezes com o Windows, conecte o mouse no Windows usando o software Logitech Unifying. Além disso, defina as configurações de velocidade do mouse, etc. no painel Configurações do mouse. Ele vai lembrar dessas configurações quando você inicializar de volta no Ubuntu.
No Ubuntu, você pode instalar Solaar
e tentar alguns dos emparelhamento e configuração lá.