Esse problema geralmente é causado por um desses dois motivos:
- Você está misturando pacotes de dois repositórios ligeiramente incompatíveis.
- Existe apenas um erro de empacotamento.
De qualquer maneira, em nenhum pacote principal, geralmente é seguro forçar a instalação com o dpkg e então continuar a operação.
sudo dpkg --force-overwrite -i /var/cache/apt/archives/drkonqi_5.12.4-0neon+16.04+xenial+build16_amd64.deb
Aviso obrigatório do manual do dpkg :
Warning: These options are mostly intended to be used by experts only. Using them without fully understanding their effects may break your whole system.
Depois de forçar a sobregravação desse arquivo, você provavelmente poderá retomar sua atualização.
sudo apt-get dist-upgrade