xkill normalmente não excluiria arquivos - só encerra um processo . Você pode ter corrido xkill na sua janela do gerenciador de arquivos, o que teria terminado o gerenciador de arquivos (você pode sempre iniciá-lo novamente, isto é temporário), mas ele não teria apagado nenhum arquivo.
Só para esclarecer, um gerenciador de arquivos é um programa que permite visualizar seus arquivos, muitas vezes graficamente (em oposição a fazendo isso no terminal com cd , ls , etc.). Encerrar o gerenciador de arquivos com xkill seria semelhante a clicar no botão "X" na parte superior do Windows Explorer (no Windows) ou do Finder (no Mac), por exemplo - ele não exclui seus arquivos.
Estou assumindo que você executou xkill em seu gerenciador de arquivos porque não faz sentido dizer que você executou xkill em um diretório ou arquivo - ele só pode operar em um processo como um gerenciador de arquivos. Se você quis dizer algo mais, por favor, esclareça e eu tentarei ajudar.