O xboard foi instalado sem valores padrão para algumas das opções. O arquivo xboard .xboardrc, no diretório inicial, define valores para várias opções. Defina as seguintes opções:
-whitePieceColor #FFFF20
-blackPieceColor #202020
-lightSquareColor #C8C3C5
-darkSquareColor #77A26D
-highlightSquareColor #FFFF00
-premoveHighlightColor #FF0000
Isso resolveu o problema.