De acordo com a saída de ls /usr/share/applications/ | grep -i audacious , parece que os ícones correspondem a audacious.desktop e audacious-qt.desktop .
A remoção de um .desktop do arquivo /usr/share/applications/ deve funcionar, mas não é uma solução permanente (e geralmente não é recomendável fazer alterações no diretório raiz, a menos que você esteja absolutamente certo). Depois que um pacote associado for atualizado, o arquivo .desktop certamente reaparecerá.
Para uma solução permanente, copie o arquivo .desktop associado ao ativador do Audacious do qual você deseja se livrar de /usr/share/applications/ para ~/.local/share/applications/ . Em seguida, abra o arquivo copiado com um editor de texto e adicione (ou modifique) a seguinte linha:
NoDisplay=true