Considerando que você adicionou os programas para iniciar automaticamente, eles estariam localizados em /home/<user>/.config/autostart
como arquivos .desktop
. você pode copiar todos os arquivos para o seu backup. Para restaurar, você pode retorná-los para o mesmo local. Para que funcionem, o aplicativo para o qual eles estão apontando deve estar instalado.
Se você usar o lubuntu, outro local onde o programa / comandos de autoinicialização pode ser encontrado está dentro do arquivo /home/<user>/.config/lxsession/Lubuntu/autostart
.