Para encontrar o ID da faixa de áudio do vídeo que você deseja reproduzir, use:
mplayer -vo null -ao null -frames 0 -v <filename> | grep aid
Para reproduzir o arquivo usando a faixa de áudio exigida, use o ID da faixa encontrado com o comando anterior e use-o no seguinte:
mplayer -aid <track_ID> <filename>
Fonte para esta informação - FAQ no MPlayerhq.hu
Exemplo:
nits@nits-workstation:$ mplayer -vo null -ao null -frames 0 -v Blood\ \ 18\ Dual\ -\ Moon\ Over\ Ekaterinburg.mkv | grep aid
mplayer: could not connect to socket
mplayer: No such file or directory
Failed to open LIRC support. You will not be able to use your remote control.
[mkv] Track ID 2: audio (A_AAC), -aid 0, -alang und
[mkv] Track ID 3: audio (A_AAC), -aid 1, -alang und
FAAD: compressed input bitrate missing, assuming 128kbit/s!
##To play with Audio Track ID 3##
nits@nits-workstation:$ mplayer -aid 1 Blood\ \ 18\ Dual\ -\ Moon\ Over\ Ekaterinburg.mkv
##To play with Audio Track ID 2##
nits@nits-workstation:$ mplayer -aid 0 Blood\ \ 18\ Dual\ -\ Moon\ Over\ Ekaterinburg.mkv