Então você precisa fazer um pin-pin, para evitar futuras atualizações:
Crie um novo arquivo em /etc/apt/preferences.d/ (se Ubuntu > = 10.4) com o nome do seu programa, com a seguinte entrada:
Package: program
Pin: version 1.2.3*
Pin-Priority: 1000
assumindo, você sabe que a versão do seu programa, você quer congelar, é 1.2.3