Geralmente não é recomendado, mas você pode forçar a substituição de arquivos com
sudo dpkg -i --force-all /var/cache/apt/archives/texlive-fonts-extra-doc_2017.20170619-1~16.04.york0_all.deb
e depois
sudo apt-get install -f
sudo dpkg --configure -a
sudo apt-get dist-upgrade