O Ubuntu 17.10, por padrão, usa o Wayland em vez do Xorg, e o Gedit é executado sob o Wayland em vez da camada de compatibilidade do XWayland. xdotool
não funciona com o Windows rodando sob o Wayland.
Como solução alternativa, você pode voltar para uma sessão do Xorg no Wayland seguindo este Q & A: