Por que é exibido como primeiro resultado na pesquisa com "calc" e não com "cal" ou "ca"?
Isso ocorre porque, até você escrever calc
em ordem alfabética, quando você escrever calc
haverá um programa que contenha a palavra completa ( LibreOffice Calc ) para que o programa pule para a primeira posição na lista, é chamada de sucesso.
Podemos então presumir que a pesquisa por traços procurará primeiro por possíveis correspondências e as classificará alfabeticamente se nenhuma delas corresponder à consulta completa e exibir as ocorrências sempre nas primeiras posições se encontrar uma palavra correspondente.
Como evitar que o LibreOffice Calc apareça como primeiro resultado sem removê-lo completamente da Unity?
Para a primeira parte da sua pergunta, você deve analisar
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Como remover ícones / atalhos do menu Unity? >
explica como e por que você não pode simplesmente remover um resultado de pesquisa (com uma possível solução alternativa para isso).
Não há como esconder uma única aplicação sem remover o atalho global (mesmo que você ainda tenha esse atalho na área de trabalho, por exemplo).