Aravid e Bajiru deram excelentes respostas, mas ambos parecem ter perdido sua segunda bala.
Você não precisa remover as unidades para separar os sistemas operacionais; No entanto, você deve ter cuidado ao instalar os carregadores de inicialização.
Se você estiver usando a inicialização legada, o gerenciador de partida precisará ser instalado no MBR da respectiva unidade, ou seja, no MBR da unidade do Windows e no MBR da unidade do Ubuntu.
Se você estiver usando o EFI, cada unidade precisará ter uma partição EFI. com o arquivo de inicialização EFI apropriado. Nota: ao instalar o ubuntu no modo EFI, escolha outra coisa e, em seguida, selecione as partições que o Ubuntu deve usar para a instalação.
PS: como o Windows não permite a versatilidade na instalação que o Ubuntu faz, eu instalo o Windows primeiro no primeiro HDD, depois o Ubuntu no segundo disco.

