Por isso, não consegui reduzir o contêiner lvm manualmente.
Mas eu consegui adicionar a opção discard="true"
ao arquivo .vbox, que parecia
<AttachedDevice nonrotational="true" discard="true" type="HardDisk" port="1" device="0">
<Image uuid="{3836a042-a83e-4000-9a59-e95ad65162ce}"/>
</AttachedDevice>
Após a inicialização novamente, consegui executar fstrim
e o arquivo .vdi foi reduzido.
Na verdade, eu tive alguns problemas usando essa opção antes, então eu queria faça isso manualmente.
Eu recomendo fazer um backup, já que matei meu arquivo .vdi e não consegui restaurar. Também desativei a opção novamente mais tarde e verifiquei o sistema de arquivos antes de excluir meu backup.
Há mais algumas informações aqui .