Geralmente, o software que você está procurando usar deve indicar quais sistemas operacionais eles suportam. Muitos não suportam o Linux. Isso deixa 2 opções. Uma delas é encontrar uma alternativa gratuita ao Linux que faça o que você quiser. A outra é executar a versão do Windows do software através do Wine. Quer o software seja executado corretamente, você pode verificar o site do Wine para verificar isso. Por exemplo, é relatado que o Autocad funciona razoavelmente bem: Suporte ao Autocad. Para coisas não listadas em seu site, você teria que experimentar e ver o que acontece.