dconf é uma nova maneira de as aplicações armazenarem as configurações, e destina-se a substituir o gconf. O dconf-editor e o gconf-editor são para seus respectivos sistemas de configuração, e eles não se comunicam entre si. No momento em que a transição ainda é um trabalho em andamento, muitos aplicativos continuam usando o gconf. Além disso, alguns aplicativos ainda têm configurações deixadas no gconf, mesmo que estejam usando o dconf agora.
Quase todo o software instalado por padrão - tudo que vem do GNOME - usa o dconf (se houver). Quase tudo o mais que está disponível usa o gconf, embora isso esteja mudando, claro, à medida que o software antigo é atualizado.
Então, sim, alterar uma configuração no gconf provavelmente fará alguma coisa! Se você fez uma nova instalação do Ubuntu 11.10 e não migrou suas configurações do gconf, é provável que tudo que você vê com o gconf-editor esteja sendo analisado e entendido por algum aplicativo atual. Se suas configurações forem anteriores a 11,10, pode haver coisas que não estão sendo usadas.
Como regra geral, verifique o dconf primeiro e se o que você está procurando não estiver lá, tente o gconf.