Tecnicamente, há alguns casos em que isso faria diferença. De um modo geral, mesmo quando esta diferença existe, não será perceptível até mesmo um jogador profissional.
Controladores USB 3.0 e USB 2.0 em placas-mãe modernas são implementados de forma diferente, principalmente devido à taxa de transferência de dados exigida pelo USB 3.0. Em alguns chipsets, você veria o USB 2.0 como um dispositivo PCI em um hub de supercomunicações que também lida com todos os outros dispositivos lentos, como discos rígidos, áudio, ethernet, portas paralelas e seriais, etc. Isto existia no chip southbridge, que foi então conectado ao northbridge através de uma camada de mídia semelhante a um barramento PCIexpress. O northbridge lidou com o material de alta velocidade, como memória, gráficos, PCIexpress etc.
Isso significava que uma transação USB envolvia várias outras transações - PCI, depois a interface de mídia e, em seguida, a interface com a CPU, antes de ser manipulada.
O USB 3.0 foi introduzido ao mesmo tempo em que o northbridge / southbridge deu lugar ao PCH (Platform Controller Hub). A maioria das tarefas northbridge foram absorvidas na própria CPU - memória, PCIexpress, etc, enquanto as tarefas northbridge restantes e southbridge foram para a PCH. A PCH está essencialmente saindo de um slot PCI Express.
Os caminhos, no entanto, ainda são muito diferentes. Mesmo que o USB 3.0 e o USB 2.0 estejam integrados no PCH, o USB 2.0 ainda é implementado como se fosse um dispositivo controlador PCI lento. Não há razão para a Intel reprojetar o silício de uma peça comprovada, por isso ele é integrado ao PCH da mesma forma que foi integrado ao southbridge, com todos os gargalos de atendimento e latência adicional que ele tinha antes.
No entanto, o USB 3.0 está muito mais próximo do CPU. Embora isso se refira principalmente ao aumento da taxa de transferência, também afeta a latência - há menos transações envolvidas na obtenção de uma transação USB 3.0 para a memória ou para a CPU, e as interrupções podem ser acionadas mais rapidamente.
No entanto, a diferença entre a latência do USB 2.0 e a latência do USB 3.0 seria medida em nanossegundos. Certamente não é perceptível até mesmo para os melhores gamers de hoje. Existe, mas é praticamente inútil.