Eu criei um novo usuário e descobri que o som funciona corretamente com o novo usuário. Isso significa que algo estava errado nas configurações do usuário. Eu encontrei algumas configurações e parece que o problema está resolvido. Os arquivos não estavam em formato de texto e não tenho idéia do formato desse formato.
Eu removi todos os arquivos de ~/.config/pulse/ e reiniciei. Agora funciona bem.
Também removi todos os arquivos de /root/.config/pulse/ para corrigir 100% do volume na tela de login.
Acho que eles alteraram o formato de alguns arquivos de configuração na nova versão de pulseaudio . A configuração de 14.04 confundiu pulseaudio de alguma forma.
Eu vi alguns relatórios de bugs sobre esse problema. Isso pode acontecer quando você substitui as versões do Ubuntu com o mesmo /home .
Atualização: parece um bug de atualização de distro. Eu atualizei 14.04 para 16.04 em outro computador, e houve o mesmo problema.
O arquivo cookie precisa ser removido em ~/.config/pulse/ após uma atualização.