A maioria das diferenças dos dois protocolos já foi dita em outras respostas e, mais detalhadamente, no link
Outra diferença, de acordo com a documentação do curl , é que o protocolo SCP não é muito portátil e normalmente só funciona entre sistemas Unix.
A propósito, o curl implementa os dois protocolos e, ao contrário da implementação padrão do cliente OpenSSH SFTP, é não-interativo para ambos SFTP e SCP.
E observe que também existe o protocolo FISH , que permite transferir arquivos via SSH sem a necessidade de SCP ou SFTP. Até onde eu sei, o FISH não é muito popular, atualmente implementado em apenas alguns gerenciadores de arquivos ( Midnight Commander e alguns que são baseados no KDE ) e Lftp .