i686 é a versão de 32 bits e x86_64 é a versão de 64 bits do sistema operacional.
A versão de 64 bits será melhor dimensionada com memória, principalmente para cargas de trabalho como bancos de dados grandes, que precisam usar muita memória RAM no mesmo processo. Não considere a execução de um servidor de banco de dados (significativo) em uma máquina de 32 bits.
No entanto, para a maioria das outras coisas, a versão de 32 bits está ok. O código de 32 bits usa menos memória, então você terá mais para outras coisas. O limite na memória que o sistema operacional pode usar não é diferente, apenas a memória por processo.
Então, realmente depende do que você deseja usar. Se você estiver planejando desenvolver software para servidores grandes ou executando servidores grandes, use 64 bits. Caso contrário, use 32.