Parece (dada a sua descrição de transferências rápidas) que está copiando através de um buffer, mas que não foi liberado para o disco antes que você o desconecte. Isso é bastante comum.
Você pode forçar todos os seus discos do sistema a sincronizar com seus buffers executando sync
. Este é um comando de bloqueio para que você não possa digitar enquanto está funcionando.
"Ejetar dispositivo com segurança" (ou no entanto que esteja em redação) deve estar executando um sync
(é o que significa ), mas se você estiver usando isso, parece que não está funcionando e você deve relatar um bug.