Ctrl + Deslocamento + L terá o mesmo efeito.
Ctrl + L apagará a linha mas também a manterá na sua área de transferência, substituindo o conteúdo da área de transferência.
Não tenho certeza se você pode mapear Ctrl + D para fazer a mesma coisa ou não. Eu realmente não mexi com os mapeamentos de teclado com o Notepad ++, pois eles são muito semelhantes aos do Visual Studio