Isso depende das configurações que você definiu para a unidade. Por exemplo, se você procurar no gerenciador de dispositivos pela própria unidade de disco, verá algo assim:
Se você tiver a primeira opção (remoção rápida) selecionada, ejetar a unidade simplesmente desmontará a partição e não permitirá mais que os programas acessem a unidade.
Se você escolher a segunda opção (melhor desempenho), ejetar a unidade libera todos os caches que o sistema tiver na memória, desmonta o sistema de arquivos (que também pode liberar alguns buffers) e libera os buffers no dispositivo.