Atualmente, não há como fazer o que você está pedindo.
Cada pacote Chocolatey é único no sentido de que pode ser um wrapper em torno de um MSI ou EXE, ou pode ser uma simples extração de um arquivo compactado para um local conhecido, por exemplo, C: \ tools, ou pode ser um Módulo do PowerShell que extrai para PSModulePath ou pode ser algo completamente personalizado.
Este é um efeito colateral do ecossistema do Windows, onde existem várias maneiras de fazer a mesma coisa. Chocolatey está tentando trazer algum tipo de ordem para isso, fornecendo um mecanismo para, pelo menos, encontrar todos os pacotes que você quer em um só lugar, mas há apenas o que Chocolatey pode fazer.
Se você olhar as coisas de maneira completamente diferente, é possível passar os argumentos de instalação para um pacote Chocolatey usando o seguinte:
Isso poderia, em teoria, alterar os argumentos de instalação de um pacote Chocolatey baseado em MSI ou EXE para alterar onde os arquivos são instalados. Você pode ver um exemplo dessa abordagem sendo usada aqui:
No entanto, essa abordagem é limitada. Nem todo mundo leva o tempo como Matt para mencionar os possíveis argumentos de instalação que são possíveis, e é um processo bastante complicado para extrair os argumentos de instalação que podem ser enviados para um MSI ou EXE.
Em termos de ChocolateyGUI, e como o mantenedor atual desse produto, posso dizer que ele não faz nada inteligente nesta área :-). É simplesmente um wrapper em torno das ferramentas de linha de comando que o Chocolatey fornece e tem como objetivo tornar mais fácil para as pessoas que não gostam de usar a linha de comando.