As sugestões recebidas cobrem o que você procura:
sudo port -f clean --all all
sudo port -f uninstall inactive
Se você não pode esperar que a limpa seja executada em segundo plano, existem alguns comandos que você pode executar manualmente e com mais rapidez.
Remova os arquivos de construção restantes (isso é feito automaticamente por padrão):
sudo rm -rf /opt/local/var/macports/build/*
Remover arquivos de download:
sudo rm -rf /opt/local/var/macports/distfiles/*
Remover arquivos (não são criados por padrão):
sudo rm -rf /opt/local/var/macports/packages/*