Tenho certeza de que é impossível suprimir essa mensagem porque isso pode ser um problema de segurança em potencial (você pode fingir uma área de trabalho e interceptar a entrada do usuário).
Você pode pesquisar a origem do cromo em busca de um sinalizador ou algo do tipo para desativar a mensagem. Eu olhei em alguns arquivos com a string "Exit Full Screen", mas devido à minha limitada experiência em C / C ++ eu desisti depois de dois minutos.