Caso você esteja usando pacotes que estão marcados como "instalados automaticamente", você deve dizer ao gerenciamento de pacotes que você os quer explicitamente, ao invés de uma dependência:
sudo apt-mark unmarkauto packagename
O propósito desta marca automática / manual em uma instalação de pacote é manter o sistema limpo se você instalar o pacote-x que instala várias dependências (digamos, package-y, package-z). O APT irá então saber que package-y e package-z não serão mais necessários se você remover package-x algum dia depois - use sudo apt-get autoremove
para executar a remoção.
Não marque as dependências como instaladas manualmente, pois isso frustraria o objetivo do acima.
Para descobrir por que certos pacotes são instalados automaticamente, você quer usar
aptitude why packagename