Você pode usar o comando mklink
como:
mklink /H <link> <target>
Acho que isso deve funcionar, mas não sei o que aconteceria se você usasse o eMule ao mesmo tempo em dois locais diferentes em relação à sincronização.
Se você deseja vincular a um diretório em vez de um arquivo, use o seguinte comando:
mklink /J <link> <target>
Observação: isso criará uma junção em vez de um link simbólico. As junções são para quando o destino e a origem não estão no mesmo volume.