O comando wmctrl parece fazer o trabalho. Já foi instalado para mim, mas está disponível nos repositórios, caso alguém precise.
wmctrl -l
Lista janelas abertas no momento (incluindo os painéis do gnome).
wmctrl -a STRING
Dá foco a uma janela contendo STRING no título. Não sei o que acontece se mais de uma janela atender a essa condição.
No meu caso, o comando era:
wmctrl -a Firefox