Não existe FAT64, pelo menos não neste momento. Há exFAT que algumas pessoas chamam de FAT64.
Por que eles fazem isso? A história da Tabela de alocação de arquivos está bastante envolvida. Atualmente, as implementações mais comuns são FAT32 (embora isso seja cada vez mais incomum) e ExFAT. O FAT32 foi uma melhoria significativa em relação aos sistemas de arquivos FAT mais antigos, permitindo tamanhos de volume de até 2 TB (com um tamanho de setor de 512 bytes) e até 16 TB (com um tamanho de setor de 64 KB). Isso ainda é grande o suficiente para a maioria das instalações em 2016. Infelizmente, o maior tamanho de arquivo foi (um byte menor que) de 4 GB, o que é muito pequeno hoje em dia.
OexFAT elimina esse limite de 4 GB, permitindo que os arquivos entrem na região do PB. Da mesma forma com o tamanho do volume. Ele faz isso usando campos de comprimento de 64 bits. Como o FAT32 usou campos de 32 bits, o exFAT adquiriu naturalmente o apelido FAT64.
Então, sim. FAT64 e exFAT são a mesma coisa. exFAT é o nome correto.