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Simples: clique na caixa "ocultar" apenas na pasta do Google Desktop
(no modo de exibição clássico do Windows), vá para o Windows Explorer; clique na área de trabalho. Vá para Ferramentas / Opções de Pasta. Clique em Exibir e marque "Ocultar arquivos protegidos do sistema operacional" - mas, NÃO CLIQUE "APLICAR A TODOS OS PASTAS". Apenas clique em OK. Agora, apenas a pasta Desktop ocultará os arquivos, mas eles ainda serão exibidos em todas as outras pastas.