Para excluir todos os diretórios .svn, adicione o -xr!?svn\* switch
Por exemplo, o seguinte criará um backup do diretório C:\Project\To\Backup , excluindo todas as pastas que satisfizerem o ?svn :
"C:\Program Files-Zipz.exe" a -r -tzip -y -xr!?svn\* Project.zip C:\Project\To\Backup\*