O arquivo que você editou está contido no pacote "nautilus". Você pode restaurar facilmente o envio da versão original com 12.04 fazendo o seguinte.
Remova o arquivo antigo:
sudo rm /usr/share/applications/nautilus-home.desktop
Reinstalar o nautilus:
sudo apt-get --reinstall install nautilus
Depois disso, o comportamento da lista rápida deve ser o padrão para 12.04, sem duplicatas. O comportamento padrão em 12.04 já lhe dará acesso aos seus diretórios padrão em sua casa.
Você pode fazer personalizações adicionais e seguras para sua lista rápida em seu diretório pessoal.
Caso você faça alterações em uma lista rápida ou em outro arquivo do sistema, como antes , sempre faça um backup para evitar situações como esta! :)