Tente rodar gnome-control-center dentro do KDE e então vá para Sounds e na próxima tela, clique na quarta aba "Sound effects" e gire o volume para baixo (ou simplesmente clique em o botão on / off próximo a ele). Funcionou para mim no Totem (video player) e no Nautilus (navegador de arquivos) (experimente o botão fechar na janela Help-About). Não testado no Chrome.
Usando o Ubuntu 12.04 LTS com pacotes do KDE instalados posteriormente.