Uma solução para este problema é usar o software gnome-tweak-tool. Aqui está como passo a passo: (ATENÇÃO! Leia na parte inferior desta mensagem primeiro: haverá alguns bugs se você seguir os passos, mas é totalmente e facilmente reversível)
1) Se você não instalou o gnome-tweak-tool, você pode encontrá-lo no Ubuntu Software Center. Na área de pesquisa, digite "configurações avançadas" e instale o primeiro resultado correspondente. Feche o Ubuntu Software Center.
2) Este aplicativo aparecerá no Unity com o nome "Configurações avançadas", se não, procure-o com traço com este nome.
3) Inicie este aplicativo e vá para "Desktop" e altere "O gerenciador de arquivos controla a área de trabalho" de OFF para ON. É isso aí! Feche o aplicativo e agora o Nautilus lembrará do último tamanho e posição.
ATENÇÃO! Existem alguns efeitos colaterais para essa ação, mas ela é totalmente reversível se você colocar "Fazer com que o gerenciador de arquivos manipule a área de trabalho" de ON para OFF. Alguns bugs que eu notei após a modificação: unidade lenta, slow firefox e outros.