Isso não resolve o problema principal, mas é muito longo para um comentário e responde a uma parte da sua pergunta.
'What is the $Extend folder and why is it in use?
A pasta $ Extend é usada pelo Windows para armazenar várias coisas relacionadas ao sistema de arquivamento NTFS, como informações de cotas e arquivos de log NTFS. Consulte este artigo do MSDN para obter mais informações.
No seu caso, você está interessado na pasta \ $ Extend \ $ RmMetadata que faz parte do Transactional NTFS sistema.
Esta é uma parte essencial do Windows e não pode ser desativada, embora eu esperasse que você pudesse desativá-la para uma determinada unidade, mas infelizmente não sei como.
Existe um programa de linha de comando chamado fsutil que pode ser usado para exibir algumas informações sobre esses arquivos (por exemplo, fsutil resource info e: e fsutil transaction list que talvez possa indicar qual processo está usando esse recurso. Existem outros comandos para iniciar e parar o gerenciador de recursos, mas não vou recomendar isso, pois não sei as conseqüências, mas isso pode lhe dar um ponto de partida para pesquisar mais.
A propósito, as instruções que você está seguindo sobre o Backup não são relevantes para sua situação. Eles só se aplicam se você estiver realmente executando um backup e o backup estiver falhando porque esses arquivos estão bloqueados e a solução é apenas configurar o backup para ignorar esses arquivos.