Você pode usar o FFmpeg (uma ferramenta de linha de comando gratuita para Mac, Linux e Windows) para codificar o WMV para MP4. Aqui está uma sintaxe de exemplo:
ffmpeg -i input.wmv -c:v libx264 -crf 23 -c:a libfaac -q:a 100 output.mp4
Isso codificará o vídeo para vídeo H.264 e áudio AAC, usando a qualidade padrão. Para alterar a qualidade do vídeo, use um valor de CRF diferente, em que menor significa melhor, por ex. 20 ou 18. Para áudio, 100% é a qualidade padrão. Aumentar o valor para melhor qualidade.
Para o AppleTV especificamente, isso é o que a Apple diz que suporta:
H.264 video up to 1080p, 30 frames per second, High or Main Profile level 4.0 or lower, Baseline profile level 3.0 or lower with AAC-LC audio up to 160 kbit/s per channel, 48 kHz, stereo audio in .m4v, .mp4, and .mov file formats
Assim, você pode usar o seguinte comando para forçar a taxa de quadros de 30 Hz e o perfil Alto :
ffmpeg -i input.wmv -c:v libx264 -crf 23 -profile:v high -r 30 -c:a libfaac -q:a 100 -ar 48000 output.mp4