Eu usaria NTFS . Ele pode ser facilmente lido / gravado pelo Linux, Windows e OS X (entre outros).
Considerando o uso pretendido e o fato de que é um drive externo, não vejo razão para você passar pelo incômodo que o ext4 será usado.
Se este fosse seu disco rígido principal, talvez as vantagens do ext4 (por um curto período, menos fragmentação de unidade e desempenho ligeiramente melhorado, para obter mais informações, consulte aqui ) valeriam a pena. Eu duvido que você vai notar uma diferença em um drive USB externo. O gargalo será a taxa de transferência de dados através do cabo USB.
Para a maioria dos usuários, o único benefício óbvio do ext4 sobre o NTFS é que o ext4 permite nomes de arquivos com caracteres especiais ( ? & % etc). No entanto, esses nomes de arquivos são uma idéia ruim e não têm nenhum interesse particular para você.
EDIT: Em resposta à pergunta do B. Roland sobre desfragmentação, sim, há duas maneiras que eu sei de desfragmentar uma unidade NTFS no Linux. Uma delas é uma ferramenta de código aberto chamada shake . Eu não usei isso, mas parece funcionar. O outro é simplesmente copiar todos os dados da unidade externa, excluindo tudo da unidade e copiando tudo de volta. Finalmente, como sua unidade também será acessada no Windows, você pode usar o desfragmentador do Windows.
Eu acho, no entanto, que você está anexando way muita importância para a desfragmentação. Dê uma olhada aqui para uma explicação simples da fragmentação . Resumidamente, uma unidade fragmentada é aquela em que os arquivos da unidade não são armazenados em blocos contíguos, mas espalhados pela unidade. Isso geralmente é causado pela alteração do tamanho do arquivo depois de ter sido gravado. Então, digamos que você salve um arquivo de 1 MB na sua unidade. Você então modifica o arquivo e seu tamanho sobe para 20 MB. Se não houver espaço livre suficiente na posição em que o arquivo foi criado, esses dados extras serão gravados em uma parte diferente do disco rígido. Em outras palavras, o arquivo será fragmentado.
Esse tipo de coisa provavelmente não ocorrerá com frequência em uma unidade usada para armazenar "backups, filmes familiares, fotos, algumas músicas e etc". A maioria desses arquivos nunca mudará de tamanho e, portanto, nunca fragmentará a unidade.
Além disso, mesmo que sua unidade seja fragmentada, você não se importa. A fragmentação pode ser um problema para as unidades do sistema, onde você pode ter muitas operações de E / S por segundo. Nesses casos, você pode notar uma diminuição no desempenho da unidade. Como eu disse antes, em uma unidade externa, não acho que você conseguirá detectar isso, mesmo que isso aconteça.
Portanto, para concluir, você praticamente certamente não precisará desfragmentar um HDD externo formatado em NTFS. No entanto, se você realmente quiser, poderá fazê-lo tanto no Linux quanto no Windows.