Tente fazer uma instalação no modo EFI. Criar uma Partição de Sistema EFI (ESP) separada, como sugerido pela Web-E, não é necessário; O Ubuntu e o Windows podem compartilhar um único ESP.
Se você fizer uma instalação no modo BIOS por acidente, é possível converter o Linux para inicializar no modo EFI. A conversão do lado do Linux é bastante simples, mas vai demorar alguns passos para que o gerenciador de inicialização do Linux seja iniciado.
Eu não sou muito fã da ferramenta "reparo de inicialização"; ele faz coisas estranhas e não padronizadas que podem dificultar o trabalho de outros utilitários para lidar com o disco. Evite se possível.