Com o FFmpeg , que você pode baixar como uma versão estática (não é necessária instalação) para todos os sistemas operacionais principais:
ffmpeg -i input.mp4 -c:a copy -vn -sn output.m4a
vn
e sn
desativam os streams de vídeo e legenda, se houver algum. -c:a copy
diz para copiar o fluxo de bits de áudio como está, sem recodificar o arquivo. Isso levará menos de alguns segundos.