Sim. O Windows Defender protege contra adware e spyware, enquanto o MSE faz tudo isso e muito mais (proteção contra vírus, rootkits, etc.).
O MSE vai realmente desativar o Windows Defender para gerenciar a proteção em tempo real do seu PC. Além disso, na página da Wikipédia Security Essentials:
Microsoft Security Essentials (MSE) (Previously codenamed Morro) is a free antivirus software created by Microsoft that provides protection against viruses, spyware, rootkits, and trojans for Windows XP, Vista, and 7.
MSE replaces Windows Live OneCare — a subscription antivirus service — and Windows Defender, which only protects users from adware and spyware.