Resposta curta: Não.
Resposta longa:
Eu tropecei na resposta da minha pergunta em um comentário para uma resposta para um aparentemente questão não relacionada . Acontece que o USB 2.0 e o USB 3.0 são fisicamente separados na fiação, então conectar dispositivos USB 2.0 em um hub USB 3.0 não afetará o desempenho de dispositivos USB 3.0 da maneira que eu estava imaginando.