Eu tive uma coisa semelhante acontecendo com o Visual Studio sendo preso como sempre no topo. Ele começou a acontecer depois que eu apertei a tecla Windows seguido por um monte de pressionamentos de teclas de seta / home / end / pageup / pagedn por acidente (eu pretendia usar a tecla de controle).
O que pareceu limpar o comportamento sempre no topo foi selecionar um aplicativo diferente (por exemplo, Chrome), depois pressionar Windows-Home (que minimizava tudo que não fosse o Chrome) e pressionar Window-Alt-Home. Então eu poderia minimizar o Visual Studio e ele não estaria mais sempre no topo.
Isso funcionou com o VS2010, o VS2012 e o VS2013 quando eles entraram nesse modo estranho sempre no topo.