Ambos. O CMOS armazena as informações de configuração do BIOS. Quando você "entra na configuração", você está executando o programa de configuração do BIOS, que carrega as configurações definidas no CMOS. Você está "configurando" o CMOS, fornecendo informações de configuração que o BIOS usará quando for executado.
O BIOS é um programa escrito como Firmware em uma ROM, por isso não pode ser gravado em (exceto por um todo -ou-nada operação flash, o que é perigoso, por isso não uma operação diária). A ROM do BIOS armazena suas informações de configuração no CMOS quando você atinge F10. É por isso que limpar o CMOS restaura as configurações do BIOS para o padrão, e é por isso que ele não exclui o BIOS, deixando-o com um peso de papel caro.
No exemplo, o BIOS tem uma sub-rotina que carregará o SO de acordo com a ordem de inicialização. No entanto, as informações da ordem de inicialização (por exemplo, usar o primeiro CD-ROM como primeiro dispositivo) são armazenadas no CMOS. Se você limpar o CMOS, o BIOS usará um padrão, geralmente o primeiro disco no primeiro controlador de disco que é preenchido.