Como você não pode "executar" um diretório, o bit de execução foi melhor aproveitado. O bit de execução em um diretório permite que você acesse itens que estão dentro do diretório, mesmo que você não possa listar o conteúdo dos diretórios.
$ mkdir -p dir/
$ echo 'Hello World!' > dir/file
$ chmod 000 dir/
$ ls -al dir/
ls: cannot open directory dir: Permission denied
$ cat dir/file
cat: dir/file: Permission denied
$ chmod +x dir/
$ ls -al dir/
ls: cannot open directory dir: Permission denied
$ cat dir/file
Hello World!
Na% man_de% manpage:
The letters rwxXst select file mode bits for the affected users: read (r), write (w), execute (or search for directories) (x), execute/search only if the file is a directory or already has execute permission for some user (X), set user or group ID on execution (s), restricted deletion flag or sticky bit (t).